東洋藥品公司10月12日宣布取得BNT新冠疫苗台灣代理權，只要台灣願意採購，最快明年第一季可到貨1000萬劑疫苗。東洋公司董事長林全表示，東洋公司將在授權書有效期內與主管部門協商，最多將交付3000萬劑疫苗，可供1500萬人接種。
經過20多天的協商討論，東洋公司3日發佈公告稱，BNT與衛福部門在疫苗採購數量與價格方面有落差，截至授權協商期滿仍未達成共識，東洋公司無法如期代理該疫苗進口。
流行疫情指揮中心則說，是東洋公司無法提供正式授權書及合約草案，談判無以為繼。隨後東洋再回應稱，公司與BNT的新冠疫苗授權案屬於“有條件授權”，並已提供給“疾管署”備查，協商期間，東洋公司積極向BNT爭取延長授權期限，但由於未能達成部分商業條件，因此公司無法繼續提供有效證明文件。
BNT的疫苗，被認為是當前全球研發進度最快的十餘個新冠疫苗項目之一，皆進入了第三期臨床試驗階段。如今少了BNT新冠疫苗代理權，加上台灣疫苗研發尚未進入二期臨床，外界擔憂台灣明年第一季恐沒疫苗可打。
前〝疾管局長〞蘇益仁表示，台灣明年3月前獲得新冠疫苗的機會渺茫，秋冬即將到來，新冠肺炎及流感疫情齊来，台灣已錯過12月接種完流感疫苗、明年1月、2月打新冠疫苗是最理想防疫模式。
衛福部陳時中4日受訪時表示，疫苗沒有卡關的問題，台灣有加入新冠疫苗保障機制（COVAX）協議，未來將可以取得一定數量的疫苗，加上新冠肺炎有可能流感化，疫苗將會是輔助預防性質。針對外界關心是否會採購大陸疫苗，陳時中說，大陸疫苗原則上暫不納入考量。